台東縣政府農業局編列員額50人，處長、副處長、技正3人，以下設農務、林務、漁業、畜產、農業企劃、水土保持及自然保育等七科，暨動物防疫所及肉品市場等單位。掌理農、林、漁、牧、農漁會輔導、農業企劃、農產品批發管理、農地利用管理、農藥管理、水土保持及治山防災維護、自然生態保育、野生動物保育、動物保護及動物防疫檢疫等事項。