水質保護科： 臺東縣土壤及地下水污染調查及查證工作計畫~97年8月1日至98年12月31日 臺東縣河川污染稽查及水污染事件緊急應變民間機構協力處理計畫~98年1月1日至98年12月31日 臺東縣環境保護局檢驗室申請取得全國認證基金會（TAF）認證~97年8月至98年3月 離島計畫 綠島鄉中南寮聚落污水自然淨化工程~98年01月-98年07月 綠島節水及污水回收整體規劃示範計畫~98年1月1日至98年12月31日 綠島鄉及蘭嶼鄉飲用水品質監測計畫~98年1月1日至98年12月31日   空氣噪音防制科： 台東縣空氣品質管理計畫~98年1月1日~98年12月31日 固定污染源稽查管制計畫~98年1月1日~98年12月31日 移動污染源稽查管制計畫~98年1月1日~98年12月31日 柴油車排煙檢測及油品檢測計畫~98年1月1日~98年12月31日 台東縣街道揚塵洗掃計畫~98年1月1日~98年12月31日 台東縣空氣等環境品質檢測計畫~98年6月1日~99年5月31日 台東縣空氣污染等陳情案件快速查處管制計畫~98年3月1日~99年2月28日 台東縣營建工程管制計畫~98年3月1日~99年2月28日 規劃綠島低污染運具推動計畫~98年1月1日~98年12月31日 柴油車底盤動力計設備更新計畫~98年1月1日~98年12月31日   廢棄物管理科： 垃圾減量、資源工作計畫~（含97-98年短期促進就業措施計畫及98年原住民促進就業計畫）98年1月至98年12月 台東縣98年度廚餘多元再利用工作計畫~98年1月至98年12月 台東縣98年度一般廢棄物源頭管理工作計畫~98年1月至98年12月 離島計畫 台東縣綠島垃圾衛生掩埋場委外操作維護管理及資源回收處理計畫~98年1月至98年12月 台東縣蘭嶼垃圾衛生掩埋場委外操作維護管理及資源回收處理計畫~98年1月至98年12月   環境衛生管理科： 台東縣海岸地區環境清潔維護計畫~98年1月1日至98年12月31日 台東縣環境蟲鼠防治計畫~98年1月1日至98年12月31日 綠島鄉及蘭嶼鄉環境衛生計畫~98年1月1日至98年6月30日 推動營造永續優質環境衛生計畫~98年1月1日至98年12月31日