水質保護科：
臺東縣土壤及地下水污染調查及查證工作計畫~97年8月1日至98年12月31日
臺東縣河川污染稽查及水污染事件緊急應變民間機構協力處理計畫~98年1月1日至98年12月31日
離島計畫
綠島鄉及蘭嶼鄉飲用水品質監測計畫~98年1月1日至98年12月31日
空氣噪音防制科：
台東縣空氣品質管理計畫~98年1月1日~98年12月31日
固定污染源稽查管制計畫~98年1月1日~98年12月31日
移動污染源稽查管制計畫~98年1月1日~98年12月31日
柴油車排煙檢測及油品檢測計畫~98年1月1日~98年12月31日
台東縣街道揚塵洗掃計畫~98年1月1日~98年12月31日
台東縣空氣等環境品質檢測計畫~98年6月1日~99年5月31日
台東縣空氣污染等陳情案件快速查處管制計畫~98年3月1日~99年2月28日
台東縣營建工程管制計畫~98年3月1日~99年2月28日
廢棄物管理科：
垃圾減量、資源工作計畫~（含97-98年短期促進就業措施計畫及98年原住民促進就業計畫）98年1月至98年12月
台東縣98年度廚餘多元再利用工作計畫~98年1月至98年12月
台東縣98年度一般廢棄物源頭管理工作計畫~98年1月至98年12月
離島計畫
台東縣綠島垃圾衛生掩埋場委外操作維護管理及資源回收處理計畫~98年1月至98年12月
台東縣蘭嶼垃圾衛生掩埋場委外操作維護管理及資源回收處理計畫~98年1月至98年12月
環境衛生管理科：
台東縣海岸地區環境清潔維護計畫~98年1月1日至98年12月31日
台東縣環境蟲鼠防治計畫~98年1月1日至98年12月31日
綠島鄉及蘭嶼鄉環境衛生計畫~98年1月1日至98年6月30日