強化緊急醫療體系、健全醫療體系，保障就醫安全，一直為本縣工作目標，台東縣衛生局為提昇台東縣重症醫療，特別爭取行政院衛生署補助本縣3項特殊照護中心計畫，分別於馬偕醫院台東分院成立「心血管照護中心」及「外傷照護中心」及台東基督教醫院成立「急診照護中心」。101年6月馬偕醫院已完成召聘心臟外科醫師1名。
馬偕醫院台東分院於100年9月13日獲行政院衛生署許可擴建「急重症醫療大樓」，並於101年4月24日辦理動土典禮，預計於103年9月完成。擴建樓層為地上9層，地下2層，擴建院舍為15205.76平方公尺，新增了第二心導室、神經科加護病房、核子醫學科、內視鏡中心、癌症化療中心、外傷照護中心、心血管照護中心，讓台東的醫療往前跨進一大步，得與北部齊步，讓台東人的生命更有保障。
本局為加強南迴縣急重症照護能力更於花東發展條例中申請大武衛生所重擴建並設置南迴線緊急醫療救護中心，加強相關設備及醫護人力，也尊重在地醫療法人基金會成立，讓位在後山的台東人罹患重病時享有在地醫療的權利。
因台東地處偏遠、醫療資源有限，醫事專業人員招募及留任不易，台東縣有6家醫院，台東市共有5家醫院，各有特色，也各有其專長醫療科別，台東馬偕為本縣中度急救責任醫院及轉診後送責任醫院，101年度起配合衛生署辦理「提升急診暨轉診品質計畫」，建構及落實轉診網絡，讓緊急傷病患在有品質及安全的環境下接受轉診服務，本局也協助台東基督教醫院爭取行政院衛生署專案計畫「提昇（婦）產科及兒科醫療品質及資源整合計畫」，24小時均有由婦、兒科專科醫師駐診，署立台東醫院更與台北雙和醫院結盟，3月起派駐神經外科醫師駐診，在有限得資源下本局於101年啟動婦科、兒科跨院際的資源整合及區域聯盟等醫療合作模式等，例如：假日及夜間急診聯合值班，門診醫療業務支援、放射檢查報告判讀、感染管制業務支援、教育訓練資源分享、委託轉（代）檢業務及全人醫療照護經驗分享等，以期把服務病患的功能發揮到最大；為更肩負縣內20餘萬人口「健康守護者」的使命，在面臨環境生態的複雜與多元化的嚴峻挑戰與威脅下，為能全方位照護民眾身、心、靈健康，滿足每一位縣民健康需求。
為兼顧偏遠地區病患加強台東地區醫療照護之可近性，本局積極爭取行政院衛生署「醫療發展基金」補助款，設置夜間及假日緊急醫療救護站，於關山線由關山慈濟醫院承接，成功線由署東成功分院承接，大武線有大武急救站由台東基督教醫院承接，建立本縣完整緊急醫療救護網。
偏鄉醫療資源運用，尚需各單位協助幫忙，如健保營收均衡分配、中央政府資源持續挹注等等，期盼持續整合衛生醫療資源與社會福利資源，不分地方與中央，相互協調與合作，打造完善的衛生生福利網，以體現社會正義與健康人權。