臺灣獼猴係依野生動物保育法第4條公告之其他應予保育野生動物 (第III級)，依法受到保護，限制民眾捕殺或傷害。許多人既有印象為發生獼猴危害農林作物時，農友是不能處理。其實，只要符合法定程序，農友可以對獼猴危害情況做一些防治措施。
目前臺東縣政府建議的防治方式有: 以人力驅趕、用聲音嚇阻 (燃放鞭炮、瓦斯音爆器、收音機)、養狗驅趕、架設電圍籬 (電網) 及使用誘捕籠獵捕等。各種防治方式間可交替運用，並且最好常更換設置地點與施用頻度，讓猴群不會輕易識破防治方法的弱點並習慣之。
依野生動物保育法第21條規定，野生動物若有危害農作物、家禽、家畜或水產養殖，得予以獵捕或宰殺。然保育類野生動物有危害農林作物、家畜、家禽或水產養殖，在緊急情況下，得以主管機關核定的人道方式予以獵捕或宰殺以防治危害，事後向鄉鎮公所通報做後續處理。本府目前核可的人道獵捕方式有: 低傷害性之網具 (如不具倒刺)、架設不以傷害動物為目的之陷阱 (禁用捕獸鋏)、使用低電量電網及運用誘捕籠獵捕。但是保育類野生動物危害農作物時，若非情況危急，還是要先行申請，不能未經申請而自行獵捕或宰殺獼猴。因此，針對經常性受獼猴危害地區，仍須先填寫「野生動物危害農林作物獵捕申請書」，載明防治區域及防治方式，向當地鄉鎮公所申請，轉縣政府核准後做適當處理。如不會傷害獼猴後的防治方式，可不用申請 (如驅趕、聲音嚇阻)。